村の面積140.46平方キロメートルの内、山林面積は123平方キロメートル、林野率は87.66% 林野面積の内78.4平方キロメートルが国有林です。
耕地面積および可住地面積は4.08平方キロメートルと全体の2.9%しかありません。
気候は中央高地特有で寒暖の差が激しく、また降水量の多いことが特徴です。
過去に記録されている最低気温はマイナス23.4度であり、年間平均気温は、8.1度ろ冷涼な地帯とされていますが、年間における寒暖の差は激しいものがあります。
また、一日においても、平成14年8月は、最高気温31.5度、最低気温9.3度と、特に夏における気温の差も厳しいものがあります。
平成18年の年間降水量は、2,212mmと多雨の地帯ですが、平成17年には1,245mmと、1,000mm以上も降雨量の少ない年となりました。（木祖村ホームページ抜粋）